400 éve Apácán született az erdélyi magyar pedagógus, filozófus, kálvinista teológus, a magyar nevelésügy és az anyanyelvi tudományos ismeretterjesztés előfutára, az erdélyi puritánus mozgalom kiemelkedő alakja, az első magyar enciklopédista. Református szegény sorsú szülők gyermeke volt. Családja Apáca központi részén, a Nagyutcában élt, innen rajzottak ki a Cserék a falu Rabszoros részébe. Ő azonban a szabad szellem tartományaiba tartott.
A betűvetést szülőfalujában tanulta, mert a falu szász urai már elrendelték, hogy minden településen működjön oskolamester. Felsőbb tanulmányait Kolozsvárott kezdte 1636-ban. 1643-ban a korabeli Erdély legfontosabb „akadémiája”, a gyulafehérvári református kollégium tanulója lett. Gyulafehérvári tanulmányai végén felajánlották a marosvásárhelyi triviális iskola rektori állását, de ő nem fogadta el. A református egyház ösztöndíjával és Geleji Katona István erdélyi református püspök támogatásával, öt éven át hollandiai egyetemeken folytatta tanulmányait. 1651. április 26-án a harderwijki egyetem első teológiai doktorává avatták.
Németalföldi tartózkodása alatt írta meg fő művét, az első magyar nyelvű tudástárat, a végül 1655-ben Utrechtben kiadott Magyar encyclopaedia mintegy kétharmadát. Szintén Hollandiában készült el a Magyar logicatska című munkája is.
II. Rákóczi György fejedelem 1653. november 2-i hatállyal kinevezte a gyulafehérvári kollégiumba, ahol elgondolkodhatott az ige igazán: senki sem lehet próféta a saját hazájában… Ugyanis csupán osztálytanítói státust kapott, az iskola alsóbb évfolyamaiban taníthatott. Idővel a magasabb logikai-retorikai osztályban is tanított, valamint héber- és ógörög órákat is adott. A még novemberben megtartott nyilvános beköszöntő beszédében a bölcsesség megszerzéséről értekezett. Az ebben elhangzó, a nyugat-európai haladást és a tudományok hasznát humanista meggyőződéssel méltató, az erdélyi állapotokat és a formalista oktatást heves szavakkal bíráló gondolatok, oktatási reformtervezetének felvázolása diákjaiban lelkesedést, az erdélyi uralkodói körökben és tanártársai között azonban felzúdulást keltettek.
Az 1654-es év során Gyulafehérvárott kiadta a még Hollandiában megírt Magyar logicatska című művét, első magyar nyelven megjelent könyvét, amely a haladó pedagógiai eszméivel egyet nem értő konzervatív feletteseit és II. Rákóczi György fejedelmet is megharagította. Fennmaradt korabeli kézirattöredékek szerint a fejedelem első dühében a Marosba vetéssel vagy a gyulafehérvári templomtoronyról való letaszítással fenyegette meg.
Jóakaróinak köszönhetően 1656 nyarától a kolozsvári református iskola igazgatójaként folytathatta az oktatást. Iskolateremtő szellemisége 1657-től az új anyaintézményében végre kibontakozhatott.
Törekvése támogatókra, tudása követőkre talált. Nagy lendülettel kezdett programja megvalósításába. Beszéd az iskolák fölöttébb szükséges voltáról címmel tartotta meg kolozsvári beköszöntő beszédét, amelyben az elmaradottságot hevesen ostorozva, az emberi tudást eszményítve a korszerű tudást oktató iskolák fontosságáról értekezett.
Fennmaradt pedagógiai eszméi és iskolaszervezési törekvései alapján Apáczai Csere Jánost méltán tartjuk a korszerű magyar neveléstudomány apostolának.
Az iskolák fölöttébb szükséges voltát ma sem kérdőjelezi meg senki, csak sokan keseregnek Apáczaival együtt azon, hogy „amilyen nagy az iskolának a szükségessége, amilyen sokféle a haszna, olyan nagy, ha ugyan nem sokkal nagyobb a nyomorúsága (…), olyan nagy a megvetés és – hogy a gyűlölet szót ne használjam – az ellenszenv iránta.”